Флот был основан в 1783 году по указу императрицы Екатерины II после присоединения к Российской империи Крыма. Его ядром стали корабли Азовской и Днепровской военных флотилий, созданных в ходе русско-турецкой войны 1768-1774 годов.
Флот развивался и рос быстрыми темпами, и уже в 1787 году насчитывал в своем составе три линейных корабля, три бомбардирских корабля, 12 фрегатов и 28 других военных судов. Во время Первой мировой войны он представлял собой грозную силу, контролируя всю акваторию Черного моря, а также оказывая поддержку Румынскому и Кавказскому фронтам.
С мая 2019 года флотом руководит вице-адмирал Игорь Осипов. По мнению бывшего командующего флотом Виктора Кравченко, сегодня в Черном море наблюдается беспрецедентная ситуация с постоянным наличием иностранных кораблей. По его словам, это может быть связано с нынешним недружественным отношением причерноморских стран к России.
— Они ограничены, конечно, соответствующей конвенцией Монтрё, не больше 21 дня, тоннаж соответствующий и так далее. Но вот такая свобода действий, свобода мирового плавания… — цитирует Кравченко РИА Новости.
